Kontroloři z Regionálního operačního programu Střední Čechy, jenž projektu Farma Čapí hnízdo poskytl padesátimilionovou dotaci, zavítali na kontrolu koncem srpna 2008. V písemném shrnutí prověrky pak stojí, že nebyly zjištěny žádné zásadní nedostatky. 

Úředníci ani v tom roce, ani o dva roky později podle Seznam Zprávy nezjišťovali, zda šéf hnutí ANO Andrej Babiš uměle vytvořil začínající firmu, aby na svůj projekt získal evropské peníze. Zajímali se spíše o to, co vše chce investor v areálu bývalého lihovaru zbourat a jaké náklady chce do dotace zahrnout.