Pavel Novotný seděl na židli generálního ředitele sedm let. Nyní se rozhodl odejít dobrovolně, stejně jako další tři ředitelé podřízení ministru financí. Podle informací, které se podařilo zjistit serveru Aktuálně.cz, ale nebyl jejich „dobrovolný“ odchod náhodou. Babiš prý od svého lednového nástupu do úřadu na výměny ředitelů usilovně tlačil.  

Sám Novotný odmítl svůj odchod z čela Celní správy komentovat. „Nemám k tomu vůbec žádný komentář, bylo to moje osobní rozhodnutí,“ odbyl redaktory aktuálně.cz s tím, že o svém dalším působení jasno nemá. Ministr financí na dotaz ohledně Novotného odchodu prý nereagoval.