Podle zprávy, kterou má ČTK k dispozici, bylo přijato 20 nápravných opatření, z nich devět VZP splnila, devět plní průběžně a ke dvěma poskytla písemné vyjádření. NKÚ v roce 2009 kontroloval hospodaření s pojistným vybraným za roky 2007, 2008 a 2009. Nezjistil, že by VZP vydávala prostředky neúčelně či v rozporu se zákonem, ale vytkl jí, že neúčtovala odpisy pohledávek ve výši téměř 118 milionů korun v období, se kterým věcně a časově souvisely.

VZP nepopírá zjištění NKÚ, že uzavírané smlouvy se zdravotnickými zařízeními se neřídily vždy platnou vyhláškou

NKÚ rovněž VZP vytkl, že náklady na projekt elektronických zdravotních knížek za rok 2008 ve výši téměř 92 milionů korun uhradila ze základního fondu včetně poměrné části přeúčtované zálohy ve výši 25 milionů z provozního fondu v roce 2007. Podle zprávy pro vládu již VZP peníze do základního fondu vrátila. Použití peněz vysvětlila tím, že podle vyhlášky jdou peníze na léčbu a vedení zdravotnické dokumentace ze základního fondu. Elektronickou knížku považuje za formu zdravotnické dokumentace. NKÚ ale byl jiného názoru.