V 50. letech musel Tomášek nuceně pobývat v želivském klášteře, kde byli v letech 1950 až 1956 bez soudu vězněni kněží z Čech, Moravy a Slovenska. Tomášek tu poté vedl první vzpomínkovou mši, která se v klášteře konala 13. srpna 1968. "Tehdy se jí zúčastnilo až 150 kněží, kteří byli internováni," uvedl správce kláštera František Marek.

V letech 1965 až 1991 řídil František Tomášek pražskou arcidiecézi. Kardinálem a arcibiskupem pražským a primasem českým byl veřejně jmenován papežem Pavlem VI. v roce 1977.