Podle kontrolorů Ministerstvo práce při budování informačních systémů pro výplatu dávek pochybilo a porušilo rozpočtovou kázeň za 737 milionů korun. NKÚ prověřoval využití 900 milionů ze 3,7 miliardy korun, které resort od roku 2013 do roku 2017 vydal na informační technologie. Problémy se týkaly vytváření systémů, veřejných zakázek, smluv či využívání externích firem, uvedl NKÚ. Podle něj se ministerstvo závislosti na dodavateli nezbavilo.

Marksová považuje rozhodnutí vyhlásit tendry a snažit se ze závislosti vymanit za správné. Na stav informačních technologií v resortu si stěžovala od svého nástupu do funkce začátkem roku 2014. Poukazovala mimo jiné na končící či chybějící smlouvy. Je přesvědčena o tom, že ona a její tým postupovaly „s péčí řádného hospodáře“.