U dalších šesti opatření pak podle NKÚ hrozí, že nebudou včas a v předpokládaném rozsahu splněna. Mezi těmito opatřeními je třeba přesun nákladní dopravy ze silnic na železnici či snížení spotřeby energie. Ohrožena jsou i opatření pro výstavbu páteřní sítě silnic pro automobilovou dopravu nebo prioritní výstavbu obchvatů měst a obcí a s tím spojená možnost zavádění nízkoemisních zón ve městech, kam by měla omezený přístup auta vypouštějící větší množství emisí.

U některých hlavních znečišťujících látek jsou podle NKÚ dlouhodobě překračovány zákonem stanovené limity. „Hrozí tak, že se ČR nepodaří do roku 2020 splnit imisní limity, které si sama opakovaně stanovila,“ sdělil mluvčí úřadu Václav Kešner. Například u jemných prachových částic, které patří mezi hlavní znečišťující látky, klesly emise mezi lety 2005 a 2016 pouze o 12 procent. Pro splnění limitu by tak emise prachu musely být do roku 2020 sníženy o dalších 42 procent. „Tempo snižování emisí se ale spíše zpomaluje, a limitů se tak nemusí povést dosáhnout,“ doplnil Kešner.