Přestože prý v oficiálním životopise Mynář uvádí, že působí v jediné soukromé společnosti, server Aktuálně.cz zjistil, že se angažuje v celé řadě subjektů. Mynář během šestnácti let prý figuroval v 18 soukromých firmách, dvou nadacích a jednom občanském sdružení. Aktuálně.cz uvádí, že na základě podkladů NBÚ dohledával informace, kterými se bude muset kancléř prokázat, pokud chce získat osvědčení, že není bezpečnostním rizikem pro stát.

Jeho podnikatelské aktivity se nejprve zaměřily na nakládání s nebezpečnými odpady. Server Aktuálně.cz uvádí, že naplno začal podnikat na sklonku devadesátých let. V letech 1997 a 1998 se objevuje hned ve třech firmách, které se zabývají právě odpady. Šest let byl prý členem představenstva brněnské firmy s anonymními akciemi Recycling park.

V této době se zapojuje do podnikání s přítelem Vladimírem Pavlíkem, který provází Mynáře v podstatě dodnes. Tehdy spolu vlastnili například firmu O.L.G.A., se širokou škálou činností od nakládání s odpady přes dopravu až k provádění staveb.