Fondu vytýká NKÚ také to, že nedostatečně kontroloval, jak efektivně je vynaloženo 244 milionů korun, které rozdělil na příspěvcích na nové technologie. Přínos nemohl podle NKÚ fond vyhodnotit, protože ho sledoval jen na základě toho, co mu posílali sami příjemci příspěvků. Navíc po nich prý nepožadoval, aby doložili, jak konkrétně se efekt takto vynaložených peněz z veřejných zdrojů projevil, třeba o kolik se díky nové technologii snížil hluk v okolí silnic. Příjemci příspěvků fondu popisovali přínosy jen obecně, třeba slovem „zlepšení“.