Návrh má ale řadu kritiků. Mezi nimi je především exministr financí Miroslav Kalousek (TOP 09). Upozorňují zejména na to, že ministr financí Andrej Babiš (ANO) je ve střetu zájmů. Jeho firmy jsou totiž předními producenty biopaliv v ČR. Kalousek tvrdí, že Babišova skupina Agrofert získá díky daňové podpoře biopaliv první generace pět miliard korun. Tabletový týdeník Dotyk minulý týden napsal, že společnost Preol ze skupiny Agrofert zůstala jediným tuzemským výrobcem bionafty pro Čepro a má téměř polovinu domácího trhu. Babiš se ale hájí tím, že daňově jsou zvýhodněni nikoliv výrobci, ale spotřebitelé, například dopravci.

Kalousek se už také dříve pozastavil nad tím, že návrh týkající se podpory biopaliv předkládá Sněmovně ministr zemědělství, ačkoli spadá do kompetence ministra financí Babiše a ministra životního prostředí Richarda Brabce (ANO). Babiš ale tvrdí, že závazky ohledně biopaliv spadají pod Jurečkovu pravomoc.

Do roku 2020 musí mít Česko 10 % obnovitelných zdrojů v palivech využívaných v dopravě

Česko se podle Jurečky zavázalo k navýšení podílu biopaliv v pohonných hmotách před rokem 2010. "Zavázali jsme se jako členský stát k tomu, že chceme v roce 2020 mít deset procent obnovitelných zdrojů v palivech, která se využívají v dopravě," uvedl Jurečka. Požadavek je podle něj definován v evropské směrnici, která je pro Česko závazná.