Sobotka se v Mnichově sejde s bavorským zemským premiérem Horstem Seehoferem, který se v prosinci 2010 svou návštěvou Česka postaral o prolomení diplomatických ledů. Obě sousední země po desetiletí rozděloval názor na poválečné dějiny a vysídlení sudetských Němců z Československa – většina z nich se usadila právě v Bavorsku. S bývalým premiérem Petrem Nečasem se Seehofer dohodl, že otázky minulosti už nebudou zatěžovat vzájemné vztahy.

Jedním z hlavních témat jednání Sobotky se Seehoferem bude modernizace železničního spojení Česka a Bavorska. V současnosti je trať spojující Prahu s Mnichovem jednokolejná a není elektrifikovaná. Cesta mezi oběma městy tak trvá šest hodin, po modernizaci by ji podle dopravních expertů bylo možné zkrátit o čtvrtinu.