Žádosti o odškodnění by podle předlohy posuzovalo Ministerstvo zdravotnictví, které by náhradu za způsobenou majetkovou i nemajetkovou újmu vyplácelo do půl roku od doručení žádosti, pokud chybu neudělal očkující lékař či výrobce vakcíny. Maximální výši odškodnění návrh nestanoví. Ministerstvo chce postupovat podle občanského zákoníku a podrobnosti stanovit vyhláškou. Odškodnění by se podle odborníků mohlo týkat méně než deseti případů ročně.

Podmínkou odškodnění je žádost podaná ministerstvu do tří let od doby, kdy újma vznikla. Neúspěšní žadatelé by se mohli obrátit na soudy do čtyř let. Předložení podobného zákona slibovalo Ministerstvo zdravotnictví už před třemi lety, kdy se problematikou zabýval Ústavní soud.