Problémem jsou také systémová podjatost stavebních úřadů a možnost obstrukcí různými organizacemi. Základní teze nového zákona počítají rovněž se zásadní úpravou mnoha souvisejících zákonů a podstatnou reformou veřejné správy.

Podle ministerstva pro místní rozvoj (MMR) je problém, že státní správu na úseku stavebního práva vykonávají v přenesené působnosti orgány samosprávy. „V některých případech může nastat situace, že zájmy samospráv uplatňované v samostatné působnosti a veřejné zájmy hájené v přenesené působnosti nejsou v rovnováze. Oddělením výkonu by se minimalizovalo riziko takzvané systémové podjatosti, která se v poslední době objevuje velmi často,“ píše se ve zprávě.

Souvisejícím problémem je podle MMR také velký počet samostatných obcí. V Česku jich je zhruba 6 250, přičemž většina z nich má méně než 500 obyvatel. Všechny obce však mohou pořizovat své územní plány. „Zhodnotíme možnost a účelnost úpravy územně správního členění státu včetně redukce počtu samostatných obcí,“ plánuje MMR.