Ústav má nestranně zkoumat dobu komunismu a nacismu, v současnosti se kvůli této instituci přou politici. Vědecká rada je poradním orgánem vedení ÚSTR. Pro tři nové členy vědecké rady hlasovalo pět členů hlavní rady, hlasování se zdržela Naděžda Kavalírová, předsedkyně Konfederace politických vězňů ČR. Ta na jednání zopakovala, že jí vadí několik levicově orientovaných členů nově zvolené vědecké rady.

Ostatní jí ale oponovali. Šéfka hlavní rady Petruška Šustrová uvedla, že vědecká rada není od toho, aby určovala levicový nebo pravicový pohled na minulost, ale aby určovala laťku odborné práce. "Výklad může dělat historik, ale ne jeho nadřízený a už vůbec ne nějaká rada nad ním," uvedla Šustrová.

Předchozí vědecká rada kompletně celá odešla na protest proti odvolání ředitele Daniela Hermana, což učinila hlavní rada ústavu, protože s ním nebyla spokojena, a nástupu nové šéfky Pavly Foglové. Předpokládá se, že se nová vědecká rada poprvé sejde 12. června.