Za způsobenou škodu při záchranných a likvidačních pracích IZS podle zákona odpovídá stát, avšak peněžní náhradu poskytuje stát prostřednictvím krajského úřadu. Právě toto ustanovení vedlo ústřední orgány státní správy k rozdílným výkladům. Podle zlínského hejtmana Stanislava Mišáka (ČSSD) by mělo být jasně řečeno, jak se škody budou hradit a že je bude hradit stát.

Současný zákon podle Mišáka neobsahuje dostatečně jasnou a úplnou úpravu náhrad za omezení vlastnického nebo užívacího práva, poskytnutí věcné nebo osobní pomoci a náhrad škod, které vznikly jako důsledek záchranných a likvidačních prací a cvičení. Podle návrhu by mělo být jasně řečeno, že krajské úřady jsou jen zprostředkovateli. Přijímaly by žádosti a distribuovaly rozhodnutí, o přiznání náhrad by měl rozhodnout stát, který je také platí a určuje náležitosti žádostí i postup při administraci.