Na segregaci Romů v Česku nezisková organizace upozorňuje opakovaně. Vláda podle ní není schopna přijmout dostatečná opatření, která by zamezila segregaci romských dětí ve školách. Amnesty International, podle iDnes.cz, připomněla závazek ministra školství Petra Fialy, který přislíbil odstranit překážky v rovném přístupu romských žáků ke vzdělání.

Česko čelí dlouhodobě kritice, že do praktických (bývalých zvláštních) škol určených pro žáky s lehkým mozkovým postižením umisťuje i žáky, kteří tam nepatří, zejména právě Romy. Ti prý podle České školní inspekce tvoří v těchto školách čtvrtinu, podle ombudsmana dokonce třetinu žáků. Stát se přitom v roce 2007 zavázal, že neoprávněnému zařazování žáků do bývalých zvláštních škol zamezí. Tehdy Evropský soud pro lidská práva uznal žalobu několika romských rodin, které si stěžovaly na nerovný přístup ke vzdělání.