SP ČR rovněž vychází z nákladové efektivity při plnění těchto klimaticko-energetických závazků či ze struktury ekonomiky struktury ekonomiky, jak to umožňují platná evropská pravidla veřejné podpory a Nařízení o Evropském fondu regionálního rozvoje.

O podpoře velkých podniků se intenzivně diskutuje na evropské úrovni již od modernizace evropských pravidel veřejné podpory v roce 2012 - SP ČR se těchto diskusí účastní již od jejich počátku. SP ČR upozorňoval na to, že navržené výše zmíněné omezení dvacetiprocentního limitu pro velké podniky u podpory projektů ve vědě a výzkumu, ICT a energetické účinnosti (PO 1, PO3, PO4) z OPPIK je neobhajitelný – právně, ekonomicky i věcně z hlediska požadovaných cílů.

V současnosti je k dispozici aktuální studie (odkaz na studii zde), která na konkrétních datech, charakteru projektů, struktury žadatelů i právní analýzy evropské legislativy jasně ukazuje na to, že limit je neopodstatněný. Naopak vytváří bariéru efektivnímu plnění cílů jak ČR, tak EU. SP ČR nevidí důvod, proč by u některých prioritních os, kde je podpora velkých podniků podle evropských pravidel povolena, měl být stanovován limit dle velikosti podniku.