V čem spočívá největší problém pro e-shopy v souvislosti s EET?

Z pohledu EET se jedná v případě platby kartou na internetu o jakousi anomálii, se kterou zákonodárce při přijetí samotného zákona nepočítal. Ministerstvo financí se sice snažilo prosadit výjimku, aby e-shopy byly z EET vyňaty, ale nezvítězil zdravý rozum a zákon je platný bez změn.  Jde totiž o to, že v případě běžného napojení na EET si obchodník pořídí běžně dostupné technické zařízení - pokladnu včetně systému, kterou po internetu propojí s finanční správou. Jinými slovy takové napojení má dnes běžně dostupné řešení. Jenže při  internetovém nákupu si zákazník platí kartou za zboží z pohodlí svého obýváku a vy jako prodávající nemůžete s pokladnou do toho obýváku za ním, ale přesto platbu musíte zaevidovat. Uvědomme si, že v české republice působí na internetu něco kolem 30000 e-shopů a využívají na tisíce řešení, na kterých jim e-shopy běží. A tady se e-shop dostává do složité situace, protože musí naprogramovat do svého konkrétního řešení napojení na EET. V tomto případě se ale nebavíme o nákladech v řádu pár tisícovek za nějakou pokladnu, ale v řádu desítek tisíc až stovek za naprogramování individuálního řešení, a to si e-shop velmi rozmyslí, jestli do toho jít, nebo platbu kartou ve svém e-shopu zakázat, nenabízet. Problémy spočívají tedy ve složitém technickém řešení, vysokých nákladech, případně obavách z další byrokracie, kontrol a pod.