V počátečním období bychom byli sotva mohli očekávat uspokojivý výkon tohoto aparátu převzatého od komunistického režimu, který právě zde kladl mimořádný důraz na naprostou politickou konformitu jeho pracovníků, přičemž kvalita práce následovala až na dalších místech. V dalším průběhu se však situace nelepšila. I když hlavní část kritiky jejího výkonu se zabývá především korupcí, objevují se v poslední době čím dál tím více chyby způsobené zřejmě nedostatečnou péčí o její efektivní využívání včetně nedostatků v kvalifikaci tohoto aparátu, které, ač nemusejí být způsobeny snahou se obohatit, vedou ke značným národohospodářským ztrátám, a co je ještě horší, ke ztrátě důvěry občanů v jejich stát. Situaci v české státní správě hodnotila řada domácích i zahraničních zpráv a studií. Analýza aktuálního stavu veřejné správy, připravená Ministerstvem vnitra v říjnu 2011, mj. konstatuje následující nedostatky:

• neexistence právního rámce práv a povinností úředníků státní správy;
• nadbytečná byrokratická zátěž;
• nízká úroveň horizontální koordinace výkonu státní správy;
• neexistence osobní odpovědnosti;
• neflexibilní vnitřní struktura zaměstnanosti ve státní správě, vývoj počtu zaměstnanců v ústřední státní správě a personální nestabilita a přílišná politizace ústřední státní správy.

Studie národní integrity, kterou vydala Transparency International ČR roku 2011, konstatuje, že úředníci jsou ve všech ohledech závislí na politickém vedení svých institucí a že státní správu charakterizuje individuální i kolektivní neodpovědnost.

Obdobným problémům, byť ne vždy ve stejné intenzitě, čelily zřejmě postupně všechny demokratické státy. Rozhodly se proto podřídit své státní služby zákonu, jehož cílem je eliminovat nedostatky a optimalizovat činnost administrativy. Novým prvkem je v nich zejména zabezpečení politické nezávislosti jejích pracovníků formou vytvoření institutu ředitele úřadu (státního tajemníka) s odpovědností za personální otázky, organizaci a řízení úřadu. Tito ředitelé pak podléhají celostátnímu orgánu pro řízení státní správy (např. generálnímu ředitelství státní správy s generálním ředitelem státní správy v čele). Zákon tohoto druhu mají dnes všechny členské země EU kromě České republiky. Česko jej sice v r. 2002 přijalo, jeho účinnost však byla neustále odkládána, takže není účinný dodnes. Hlavní roli zde zřejmě zatím hrála klíčová premisa českého suverenismu, že co je z Unie, je špatné, a že je třeba od ní udržovat co největší distanci. Na sítích najdeme také silnou kritiku podřízení výběru pracovníků (kromě malého počtu pracovníků na politických místech a technického a pomocného personálu) orgánům státní správy. Politickými funkcemi by měly být jen náměstek ministra zodpovědný za strategie a koncepci (koncepci konkrétní politiky úřadu), tiskový mluvčí resortu, šéf kabinetu ministra a maximálně dva poradci. Všechny ostatní pozice jsou a musí být apolitické. Oponenti tohoto řešení tvrdí, že ministr bude muset zápasit s pracovníky, kteří pro dané úkoly nevyhovují. To ovšem není pravda. Pracovníci budou přijímáni cestou výběrových řízení, kde v komisích budou zastoupena i vedení úřadů. A důležité je, že takto bude prakticky eliminována možnost obsazování funkcí podle stranické příslušnosti ministra či vedoucího úřadu na úkor odbornosti kandidátů, což je také spojeno se zbytečnými přesuny pracovníků v případě změny vlády nebo i jen osoby ministra.