Jedná se o zhruba 4,5 tisíce hektarů lesů, který si klášter nárokuje, a jež mnohé z nich mu patří už od založení v roce 1259, kdy jej pozemky obdaroval jeho zakladatel Vok z Rožmberka. Čili se jedná dlouhodobé vlastnictví řádu cisterciáků.

Problém vznikl za II. světové války, kdy stál v čele zdejší řeholní komunity opat Tecelín Jaksch. Ten byl rozhodným odpůrcem nacistů a v roce 1937 pozval na návštěvu kláštera československého prezidenta Edvarda Beneše. Před hrozící okupací Sudet nechal odvézt do Prahy do bezpečí před nacisty vzácná umělecká díla Závišův kříž, Cyklus Mistra vyšebrodského oltáře a Vyšebrodskou madonu. V říjnu 1938 obsadil Vyšší Brod Wehrmacht a zdejší území bylo připojeno k Německu. Opat Jaksch projevil velké hrdinství, když odmítl pustit do kláštera samotného Adolfa Hitlera a za to byl zatčen a uvězněn gestapem v Linci. Němci nakonec tento cisterciácký klášter za protinacistické postoje opata a dalších členů v dubnu 1941 zrušili.