Ale už při volbě Heleny Illnerové předsedkyní akademie nastal v roce 2001 problém se zákonem. Kandidátka na předsedkyni totiž tehdy měla za sebou už dvě období v Akademické radě, jmenovitě jako místopředsedkyně akademie v období 1993-2001. Jenže určitá vlivná skupina měla zájem na jejím působení dál - tentokrát jako předsedkyně. Samozřejmě, že fakticky šlo hlavně o peníze - Akademií ročně proteče kolem deseti miliard a předsedkyně do jejich rozdělování může dost mluvit.

Média však tento problém zaznamenala a kritizovala onu výjimku – znamenalo by to členství v Akademické radě třikrát po sobě, tedy celkem dvanáct let. Nečekaná negativní reakce médií přinutila Akademii hledat nějaké rádoby vysvětlení, kterým by se veřejnost uklidnila. A tak vznikla pseudoprávní argumentace, že pro předsednickou funkci to pravidlo jako neplatí. Zvoleného kandidáta na předsedu musí totiž ještě spolupodepsat předseda vlády a prezident. A prezident ho pak nakonec i jmenuje, jako jmenuje třeba ministry. A toho se Akademie v dané situaci chytila jako pověstného stébla a začala tvrdit, že to vlastně umožňuje, aby někdo byl v Akademické radě souvislých dvanáct let, jak se nakonec i stalo v případě H. Illnerové. Jenže ta procedura s premiérem a prezidentem nic nemění na ustanovení zákona - dvě období a dost. Umělá argumentace Akademie kulhá na všechny čtyři. Kdyby byla pravdivá, tak by někdo mohl být v Akademické radě nekonečně dlouho. Třeba nejprve dvě období jako řadový člen rady nebo místopředseda, pak dvě období jako předseda, pak zase dvě období jako řadový člen rady, a pak znovu třeba osm let jako předseda, atd. Jistě - je to absurdní představa. Vždyť to omezení na nejvýše dvě období po sobě je právě dáno tím, aby se ve vedení instituce nehromadily spřátelené klany a kliky, nakloněné nějakým partičkám zákulisních manipulátorů.