Původní idea na jeho založení vznikla kolem tzv. Úřadu pro dokumentaci a vyšetřování zločinů komunismu, kterému šéfoval disident Václav Benda. Ten dosud podléhá Ministerstvu vnitra. Žil z polistopadového étosu, kdy komunismus platil za zločinný. Zpřístupňoval agendu StB, o niž byl tehdy zájem. Ale také vadil, hlavně politické levici, protože lidé, které mohla ohrozit jejich odtajněná minulost, se vyskytovali v jejích řadách častěji než jinde.

Odtud snahy Úřad usměrnit, aby nebyl zdrojem politického napětí. Proto v roce 2007 vznikl Ústav s veřejnoprávním statutem. Jeho vedení je podřízeno Radě. Tu volí Senát Poslanecké sněmovny. Potížím však není konec. Zdrojem těch největších je samotný fakt, že Ústav nadále zpřístupňuje archivy StB. Kdekdo v tom vidí účinnou politickou munici. Podobné přistřižení křídel potkalo srovnatelné instituce v Polsku a na Slovensku. Nevůle politické levice ale není jediný důvod nespokojenosti s Ústavem. Jeho renomé poškodily i úniky jeho nezpracovaných poznatků do médií. Příkladem za všechny budiž skandalizace spisovatele Milana Kundery. Zdroj nesnází Ústavu vidím i v méně nápadné okolnosti, jíž je generační směna.