Huntington studoval na univerzitě v Yale, promoval na Harvardově univerzitě, kde také od dosažení doktorátu v roce 1950 učil. Zabýval se poměrem mezi vojenskou a civilní vládou, státními převraty a vlivem imigrace. Upozornil na sebe knihou Politický řád v měnících se společnostech z roku 1968, v níž varoval, že společenská a hospodářská modernizace v post-koloniálních zemích nestačí k nastolení demokracie. Stabilní demokracie potřebuje silné instituce, zejména stabilní politické strany; pokud jim úroveň politické mobilizace „přeroste přes hlavu“, je politický řád přímo ohrožen.

Článek Střet civilizací z roku 1993 a stejnojmenná kniha vydaná o tři roky později vyvolaly dramatickou polemiku, protože proti představě „konce dějin“ (kterou zastával např. Francis Fukuyama) a očekávání pokojného vítězství demokracie po pádu komunistických režimů postavil Huntington představu několika soupeřících civilizací, z nichž zejména indická, konfuciánská a islámská jsou podle Huntingtona na vzestupu. Obecně uvádí osm civilizací: západní, slovansko-pravoslavnou, islámskou, hinduistickou, konfuciánskou, japonskou, latinskoamerickou a africkou. Budoucí konflikty podle Huntingtona nebudou konflikty mezi státy, ale mezi kulturami a civilizacemi, budou probíhat především podél tzv. zlomových hranic - linií, kde se civilizace střetávají. Kritikové namítali, že Huntington přeceňuje význam kulturní rozdílnosti a nebere na vědomí různosti a rozpory uvnitř jednotlivých kulturních okruhů. Který z obou táborů měl větší díl pravdy, o tom se můžeme přesvědčit v přímém přenosu už čtvrtým rokem, kdy se do zbyrokratizované a postupně svobody zbavované Evropy táhnou zástupy jinokulturních nomádů a starý kontinent na to neumí nijak rozumně reagovat.

Další Huntingtonova zásadní kniha „Kdo jsme?“ (Who We Are?, česky vyšla pod názvem „Kam kráčíš Ameriko“ pouhý rok po jejím původním vydání, tedy v roce 2005) rozebírá americkou národní identitu a varuje před jejím ohrožením zejména imigrací z Latinské Ameriky. Ta by mohla USA rozdělit na „dvojí lid, dvojí kulturu, dvojí jazyk“. Jakkoli autora někteří kritikové obvinili z rozdmýchávání rasových vášní, je zřejmé, že Huntingtona vedlo k jeho závěrům pečlivé studium trendů politického, sociálního a kulturního vývoje světa a starost o jeho pouhé přežití. A ostatně i v tomto tématu se dnes může Huntington jevit jako posel prorockých zpráv, které nemusí být každému dvakrát po chuti, ale jak se říká, lepší nepříjemná pravda, než laskavá lež.

Poslední česky vydaná kniha profesora Huntingtona vznikla už na přelomu 80. a 90. let, v originále vyšla v roce 1991 a nese název Třetí vlna, jakož i vysvětlující podtitul Demokratizace na sklonku dvacátého století. V zasvěceném překladu Tomáše Suchomela ji roku 2008 vydalo Centrum pro studium demokracie a kultury.

Autor se v ní zabývá velmi podrobně otázkou, které faktory se podílely na tom, že došlo v období mezi léty 1974-1990 k demokratizačnímu procesu na mnoha místech planety, a to za situací tak rozdílných, že je těžké v nich hledat analogie a souvislosti. K demokratizačnímu procesu došlo v Argentině, Brazílii, Uruguayi, také na Tchajwanu, v Nigérii, ale samozřejmě i v řadě evropských států – nejprve Portugalsku, Španělsku, Řecku, později v celém bloku někdejších sovětských satelitů.