Václav Havel se mimo jiné zapsal do paměti současníků marnotratností při vyhlašování amnestií a v udílení milosti prezidenta republiky. V rozhodování o žádostech se dělil o vyhodnocování s úředníky Ministerstva spravedlnosti mimo případů, jež vyčlenil do své výlučné pravomoci. Neuchránilo ho to před několika přešlapy. Udělil několik tzv. podivných milostí a v době jeho mandátu se rozšířilo přesvědčení, že milost si lze koupit prostřednictvím vhodného prostředníka. „Nákup“ měl probíhat tak, že žadatel o milost zaplatil všivých pár set tisíc nevratné zálohy. Když mu prezident udělil milost, doplatil pak konečnou cenu, nejčastěji 1 milion Kč za každý ušetřený rok vězení. Ale když milost nedostal, záloha se mu nevrátila. Institut milosti tak vyvolal podezíravou nevoli veřejnosti. Když pak došlo na volbu jeho nástupce, každý uchazeč se musel zpovídat novinářům, jak bude nakládat s pravomocí udílet milost.

Václav Klaus tehdy voličům slíbil, že „milostí bude jako šafránu“. Slib splnil. Vyloučil ministerské úředníky ze spolurozhodování, místo nich se opřel o své poradce a v konečné fázi se žádostmi zabýval osobně. Bylo to pracné, ale spolehlivé. Nedošlo k žádnému dalšímu skandálu. Vyhodnocování žádostí o milost zřejmě přivedlo Václava Klause k poznání, že občas dochází k bolestivým přehmatům v trestním řízení a snažil se o zlepšení stavu. Na konci mandátu vyhlásil amnestii, která popudila mnoho jeho odpůrců. Osobně ji považuji za jeden z nejšlechetnějších činů v jeho kariéře. Pokračoval v tomto směru i nějaký čas po vypršení mandátu a jeho slovník se obohatil o pojem „soudcokracie“.