Prezident podle trestního řádu může svým rozhodnutím sice pověřit ministra spravedlnosti provedením řízení o milosti a právem bezdůvodné návrhy zamítnout, ale udělit milost může jen osobně. Roku 1994 prezident Václav Havel přenesl na ministra spravedlnosti řízení v žádostech o milost. Václav Klaus toto rozhodnutí Václava Havla zrušil. Je sporné, zda obyčejný zákon může přenést na jiný subjekt ústavní právo prezidenta, byť jen v části řízení o milostech, kdy ministr nemohl sám milost udělit, ale mohl žádost zamítnout. Již při projednávání návrhu Ústavní listiny z roku 1920 označil Ústavní výbor Národního shromáždění právo udílet milost za nedelegovatelné.

Navíc byl spor, zda Havlovo rozhodnutí nemělo být kontrasignováno premiérem, protože právo milosti tehdy výlučně patřilo do nekontrasignovaných aktů prezidenta, anebo mělo být kontrasignováno, protože nejde o vlastní rozhodnutí ve věci milosti, ale o přenesení působnosti prezidenta, byť částečné, na základě obyčejného zákona s nutnou kontrasignací. Rozhodnutí Václava Havla ani jeho zrušení rozhodnutím Václava Klause kontrasignována nebyla. Praxe se tedy postavila na stanovisko, že i toto rozhodnutí bylo v rámci nekontrasignovaného ústavního práva milosti a nejde o novou působnost prezidenta založenou až obyčejným zákonem.