Organizaci veřejné dopravy zajišťuje pro Jihočeský kraj v současné době společnost JIKORD, ta v podstatě ustrnula v pozici organizátora dopravy - tzn., že zajišťuje smluvní vztahy s dopravci, koordinuje veřejnou dopravu a spoluvytváří jízdní řády. JIKORD ovšem nenaplňuje svůj cíl, s nímž byla společnost v roce 2010 založena, a to je příprava integrovaného dopravního systému. Nyní funguje nezávisle v rámci kraje pouze IDS TA, který zahrnuje města Tábor, Sezimovo Ústí a Planá nad Lužnicí.

Co sousloví „integrovaný dopravní systém“ vlastně znamená? Ve zkratce se jedná o stav, kdy jsou cestující na určitém území přepravováni na základě shodných tarifních a přepravních podmínek a to v rámci zapojených dopravců různých druhů dopravy (autobusové, železniční, městské, vodní). Území je rozděleno na zóny, od kterých se odvíjí cena jízdného. V praxi se tedy pak nemůže stát, že za stejnou trasu cestující zaplatí u každého dopravce jinou částku. Další výhodou IDS je možnost časových jízdenek, toto znamená výhodu především pro cestující, kteří využívají veřejnou dopravu pravidelně k dopravě do škol či zaměstnání. Stejně jako je to u předplatných jízdenek u městské hromadné dopravy, pravidelný cestující ušetří a navíc může kombinovat různé typy dopravy. 

Při zapojení městských hromadných doprav do IDS v jihočeských městech, by pak cestující mohl za stejný tarif či jízdenku využít služeb i těchto dopravců. Ekonomicky by měl tedy IDS v Jihočeském kraji přinést úsporu jednak cestujícím, ale i celkové úsporou veřejných prostředků vynakládaných na dopravní obslužnost, jelikož odpadá duplicita spojení.

Pro názornost uvedu „krajské“ výdaje na veřejnou dopravu v přepočtu na jednoho obyvatele, v roce 2012 byly v Jihočeském kraji 1,24 tis. Kč, zatímco v Jihomoravském kraji s jedním z nejpropracovanějších IDS v ČR to bylo pouze 0,99 tis. Kč.[1] Významných zvýšením uživatelského komfortu je také jednotné značení spojů a přehlednější jízdní řády. Ty se v IDS nerozdělují podle dopravce, ale podle tras. Regionální autobusové linky by také začaly posilovat městskou dopravu, neboť by je cestující mohli využívat i pro cesty po městě a naopak dojíždějícím cestujícím by se usnadnil pohyb po městech.

Vypracované systémy IDS můžeme pozorovat například v Praze, Libereckém, Královéhradeckém či Jihomoravském kraji. Jednotlivé systémy IDS se liší stupněm pokrytí území a stupněm integrace, nicméně tendence je v posilování obojího. Některé systémy jsou doplněny i jednotnými elektronickými kartami, které nabízejí mimo funkce nosiče předplatné jízdenky a elektronické peněženky i další služby a slevy – například liberecká OPUS karta.