To, podle výkladu některých odborníků, způsobí automatický plošný zánik funkcí dosavadních ředitelů ve třech vlnách. „K 31. 7. 2012 by ve funkci měli končit ředitelé, kteří ji zastávají šest let a více, v následujícím roce ti ředitelé, kteří jsou ve funkci tři až šest let, a ředitelé sloužící méně než tři roky by měli termín 31. 7. 2014,“ vysvětlil ministr školství Josef Dobeš. „Zřizovatel sice může opětovně jmenovat dosavadního ředitele, musí k tomu však vyhlásit konkurs. Tato skutečnost znamená pro zřizovatele značnou administrativní zátěž spočívající ve vyhlašování konkursů na místa ředitelů všech jimi zřizovaných škol a školských zařízení.“ Ministerstvo, které podporovalo pozměňovací návrh Senátu, nyní zvažuje další kroky ke zmírnění dopadů novely.

Novela školského zákona však přináší i další změny. Uchazeči o přijetí do střední školy mohou podat nejvýše 2 přihlášky namísto současných tří.