Kvůli záplavám bylo evakuováno 847 osob, přičemž 53 lidí bylo nutné před rozbouřeným živlem zachránit. Jeden člověk přitom utrpěl zranění a dva případy skončily smrtí.

Voda zasáhla i 145 mostních konstrukcí. Po prvotní prohlídce se ukázalo, že stav 79 z nich budou muset posoudit odborníci. Zatím jich zkontrolovali 59.
Během stavu nebezpečí od 2. do 19. června 2013, který vyhlásil hejtman Jiří Zimola, zasedal osmkrát Krizový štáb Jihočeského kraje. V terénu bylo nasazeno 516 profesionálních jednotek hasičského záchranného sboru, 739 jednotek sborů dobrovolných hasičů obcí, 20 vojáků Armády České republiky a 273 policistů, kteří museli v prvních dnech mimo jiné uzavřít 40 zaplavených komunikací. Počet výjezdů zdravotnické záchranné služby se kvůli zdravotním potížím, které lidem způsobilo hlavně psychické vypětí, vzrostl o 20 procent. Plošný monitoring situace a zajišťování humanitární pomoci zajišťoval Panel nevládních neziskových organizací.