Hlavní město vlastní většinu pozemků v přírodní památce Milíčovský les a rybníky. Předmětem ochrany přírodní památky je soubor přirozených doubrav, olšin, vlhkých luk a rybníků, významná společenstva rostlin a biotop chráněných živočichů. Přírodní památka je známa především jako území s největší diverzitou obojživelníků na území hl. m. Prahy. Stav vodní hladiny Milíčovského rybníka také přímo ovlivňuje stav vodní hladiny v přilehlých tůních a hladinu podpovrchové vody na přilehlých vlhkých loukách.