Ačkoliv premiér Andrej Babiš ujišťoval, že zákon zefektivní státní úřady tím, že umožní výměnu problematických úředníků, zákon ve skutečnosti výrazně zpolitizuje vedení ministerstev. Schválená podoba totiž umožní odvolávání státních tajemníků na základě návrhu ministra nebo vedoucího Úřadu vlády. Tato funkce přitom vznikla jako čistě úřednická. Návrh rovněž zavádí mírnější kritéria pro uchazeče o řídící pozice, zejména v oblasti praxe, čímž umožní příchod nekompetentních, ale politicky spolehlivých osob.

„Pozměňovací návrh ministryně Kláry Dostálové (ANO) znamená, že státní tajemníci se dostanou pod silný politický vliv, což je v rozporu se samotnou podstatou zákona o státní službě. Cílem měla být profesionalizace a odpolitizování státní správy. Zároveň ale novela zásadně snižuje požadavky na praxi pro manažerské pozice, což nahrává příchodu nekompetentních, ale spřátelených osob, do klíčových ministerských pozic. Kromě toho zákon umožní odvolat vedoucí pracovníky již za ohodnocení „dostačující,“ což odpovídá plnění povinností do 40 %, zatímco současná hranice je 25 %.  Vládní návrh se nesetkal s pochopením ani v Evropské komisi, která právě před politizací státní správy varuje, což je alarmující,“ sdělil předseda Pirátů Ivan Bartoš.