V 1999 jako ruský premiér řídil druhou válku v Čečensku a podporoval tvrdý postup. I kvůli pevné ruce a ruské válečné euforii se v březnu 2000 stal Putin ruským prezidentem.

I tehdy byl Groznyj ostřelován balistickými raketami a město bylo zcela zničeno. Ruské jednotky i tehdy vraždily civilisty, mučily, znásilňovaly. Podle odhadů zemřelo v obou čečenských válkách 200 až 300 tisíc lidí. A to mělo Čečensko jen přes milion obyvatel. Zemřel každý pátý. Statisíce zraněných a lidí, s psychickými následky a mnoho uprchlíků. Rusů v druhé čečenské válce zemřelo kolem 6000. 150 milionové Rusko bojovalo proti milionu Čečenců. Fotografie Grozného najdete ZDE.