Své úkoly spojené se zajištěním notifikace podpory pro obnovitelné zdroje energie na příští rok uvedené do provozu do roku 2012 u Evropské komise Ministerstvo průmyslu a obchodu bezezbytku aktivně plní. MPO odmítá snahy Energetického regulační úřadu opakovaně vyvolávat nervozitu a napětí u výrobců energie, jichž se záležitost přímo dotýká, i mezi jednotlivými resorty státní správy. Mimo jiné i proto, že MPO jen jedním z členů meziresortní notifikační skupiny, která je odpovědná za vyjednávání za českou stranu s Evropskou komisí ve všech vedených notifikačních řízeních.

Notifikace podpory Evropskou komisí je proces, na jehož dokončení se nedílným způsobem podílejí i další instituce. V souvislosti s vyjádřením Energetického regulačního úřadu proto přijde Ministerstvu průmyslu a obchodu nekorektní veškerou odpovědnost přenášet jen a pouze na něj. K vyjednávání a k přípravě podkladů pro rozhodnutí Komise je totiž ustavena široká meziresortní pracovní skupina složená ze zástupců celkem šesti resortů včetně Energetického regulačního úřadu, Ministerstva financí a Ministerstva zemědělství.

Tento kolektiv materiály zpracovává a společně schvaluje. Materiály na české straně se připravují tak, aby došlo ke konsensu všech zainteresovaných resortů. V poslední době byla potřeba dosáhnout jednomyslného souhlasu všech resortů v některých případech příčinou delší lhůty pro vydání notifikačního rozhodnutí.