Na proces poskytování dotací a návratných finančních pomocí ze státního rozpočtu se podle návrhu použije správní řád, s tím, že některé otázky jsou upraveny odlišně, například účastenství a použití některých ustanovení správního řádu je vyloučeno. Proces poskytování dotací a návratných finančních výpomocí ze státního rozpočtu je koncipován jako jednostupňový, nebude možné odvolání ani rozklad, vyloučena je také obnova řízení a omezeno je rovněž použití přezkumného řízení. Žadatel o dotaci nebo návratnou finanční výpomoc bude moci podat proti rozhodnutí správní žalobu k soudu.

Vládní návrh předložené novely neobsahuje možnost poskytovat dotaci nebo návratnou finanční výpomoc ze státního rozpočtu bez předchozí výzvy. Důvodem je to, že tento postup je značně netransparentní, potenciálně prokorupční a nerovný, protože všichni potenciální žadatelé o dotaci by měli mít stejné ex ante podmínky.

Je ovšem potřeba zdůraznit, že rozpočtová pravidla jsou obecnou právní normou. Pokud jiný speciální právní předpis upravuje proces poskytování dotací a návratných finančních pomocí odlišně, použije se tato speciální úprava. Podle zvláštního zákona je tedy možné poskytnout dotaci nebo návratnou finanční pomoc i bez výzvy. V případě, že by byla zachována současná právní úprava, je zde nebezpečí, že neúspěšní žadatelé o dotaci nebo návratnou finanční výpomoc ze státního rozpočtu budou podávat žaloby k soudu a na základě soudních rozhodnutí vzroste tlak na používání správního řádu při poskytování těchto dotací a návratných finančních výpomocí v jeho plném rozsahu. To znamená, že by se na tento proces vztahovaly všechny opravné prostředky upravené ve správním řádu – odvolání, rozklad, obnova řízení, přezkumné řízení. Takovýto stav by mohl vést nejen ke zvýšení administrativní náročnosti procesu, ale až ke kolapsu poskytování uvedených dotací, včetně dotací spolufinancovaných z rozpočtu Evropské unie.

Navržená novela obsahuje i změnu zákona č. 248/2000 Sb., o potřebě regionálního rozvoje, která umožňuje doručovat písemnosti týkající se dotací poskytovaných ze státního rozpočtu spolufinancovaných z Evropské unie prostřednictvím systému MS14+.

Další změnou obsaženou v novele je změna zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, která na proces poskytování některých těchto specifických dotací vylučuje použití postupu, který je navrhován v novele rozpočtových pravidel. Cílem je zachovat v požadovaných případech smluvní princip poskytování dotací v oblasti vědy a výzkumu.