Ministr Babiš původně předkládal vládě návrh, aby byl rejstřík více otevřený veřejnosti, následně jej ale změnil a spolu se předsedou vlády Bohuslavem Sobotkou trvají na tom, aby byl rejstřík přístupný pouze pro vybrané úřady. Vedle toho dokonce prosazují utajování skutečných vlastníků i na úrovni EU, kde se vyjednává další novela směrnice o praní špinavých peněz a většina států souhlasí s širší dostupností údajů.

Piráti upozorňují, že jak Babiš, tak Sobotka jednají ve střetu zájmů:

• Babišovi vyhovuje nezveřejňování konečných vlastníků, protože sám tímto způsobem nelegálně čerpal evropské dotace na farmu Čapí hnízdo, na které neměl nárok. Nemusí přitom jít o jediný případ.
   
• Sobotkovi vyhovuje utajení konečných vlastníků, protože není znám skutečný vlastník čínské společnosti CEFC. Ta má od Sobotky a Zemana v ČR protekci, nakupuje zde nemovitosti a firmy a spekuluje se o tom, že ji vlastní čínská rozvědka.

Minimálním požadavkem Pirátů je, aby stát a veřejný sektor dotoval a posílal peníze pouze těm firmám, které mají jasného vlastníka doloženého dokumenty. Tuto podmínku Piráti prosadili např. do usnesení zastupitelstva k nákupu pražského stadionu Ďolíček pro klub Bohemians.