Hnutí SPD již na jaře minulého roku několikrát vyzvalo NKÚ k prověření vládních nákupů zdravotnického materiálu v souvislosti s bojem proti koronaviru. NKÚ ve věci nákupů ochranných pomůcek už v době počátků nouzového stavu obdržel také mnoho dotazů a informací od občanů, ze kterých vyplývaly výrazné rozdíly v cenách, za které jednotlivá ministerstva nakupovala ochranné pomůcky. To vše vedlo šéfa NKÚ Miloslava Kalu k tomu, aby přepracoval změnu plánu kontrolních činností, kterou v květnu loňského roku schválilo Kolegiu NKÚ. Prezident Kala to odůvodnil tím, že chce kontrolu zaměřit na ceny, za které stát prostřednictvím jednotlivých ministerstev nakupoval ochranné pomůcky, porovnat tyto ceny v mezinárodním kontextu a též se zaměřit na krizové plány v souvislosti s pandemickou situací a vyhlášením stavu nouze a prověřit, jak byly uplatňovány výjimky ze zákona o zadávání veřejných zakázek. Tento návrh změn plánovaných kontrol prezident NKÚ Kala obhajoval tvrzením, že ani krizová situace neopravňuje nikoho, aby se choval neúčelně, neefektivně a nehospodárně. Výsledky z této kontrolní akce jeho obavy zcela potvrdily.

NKÚ prověřil nákupy pomůcek a materiálu ministerstev zdravotnictví a vnitra v období od 1. ledna do 31. srpna 2020 v celkovém úhrnu ve výši 8,5 miliardy korun. Výsledky kontroly okomentoval prezident NKÚ Kala slovy: „Ukázalo se, že stát podcenil přípravy na krizi a na problémy při jejich zvládání. Nebudu známkovat postup ministerstev jako ve škole, ale budu hodnotit slovně. Dám příklad. Tak třeba když víme, že respirátory FFP3 šly nakupovat od 60 korun do 424 korun za kus, ale ministerstva nakupovala o řád nižší, tedy FFP2, i za 777 korun za kus, tak z toho plyne, že stát rozhodně nepostupoval v souladu s finančními pravidly. Cena je ale jen jedna z věcí, na kterou kontrola poukázala.“

Podle NKÚ měla ministerstva zdravotnictví a vnitra vlastní nákupní týmy, které nespolupracovaly. Kontroloři NKÚ kritizovali i to, že od roku 2011 až do začátku epidemie ministerstvo zdravotnictví neaktualizovalo Pandemický plán ČR a že za stejnou dobu se také neměnily státní pohotovostní zásoby pomůcek a materiálu. V téměř stostránkové kontrolní zprávě se uvádí, že nejprve stát zaspal a následně selhal na mnoha úrovních. V nákupech byl chaos a byly netransparentní. Několik z nich už vyšetřují orgány činné v trestním řízení. V podezření je například i chování ministra vnitra Jana Hamáčka týkající se daru ochranných pomůcek, které věnoval podnikatelský subjekt českému státu. Na přímý pokyn ministra vnitra Hamáčka byl ale tento dar předán soukromé společnosti, která ochranné pomůcky distribuovala. Podle zprávy NKÚ není jasné, kolik a komu to bylo.