Hennadij byl za podivných okolností v květnu 2014 zadržen FSB v Simferopolu. Ve vazbě byl mučen a brutálně týrán. FSB/KGB metody za posledních 90 let nezměnila, esesáci se od nich mohli učit. Během neveřejného procesu v prosinci 2014 byl odsouzen k sedmi letům vězení za údajné teroristické spolčení a další trestné činy. V září 2015 byl převezen do gulagu v republice Komi. Propuštěn byl až 14. června 2016 spolu s dalším ukrajinským občanem Jurijem Sološenkem výměnou za dva oděské organizátory takzvané Národní rady Besarábie. I po propuštění Hennadije Afanasjeva a Jurije Sološenka zůstává v ruských vězeních minimálně dvacet devět Ukrajinců, kteří byli v Rusku a na Krymu ve vykonstruovaných a protiprávních procesech odsouzeni nebo na rozsudek v politicky motivovaných kauzách teprve čekají, což je alarmující.