Psal se rok 1939 a od března byl nad územím Čech a Moravy vyhlášen protektorát. Ještě v červenci téhož roku byla uspořádána primátorem dr. Otakarem Klapkou velká přehlídka pražských hasičů a v srpnu námětové cvičení na Staroměstskou radnici. Tisk nešetřil chválou a uznáním nad technickým vybavením a odborností sboru hlavního města. To bohužel primátor Klapka ještě netušil, že se i on stane obětí nacistického běsnění, když na pokyn K. H. Franka byl 4. října 1941 v ruzyňských kasárnách popraven.

I přes velmi kvalitní vybavení hasičkého sboru byla Němci ihned zavedena normalizace výzbroje a nářadí podle říšských norem. Němci začlenili sbor do protektorátní bezpečnostní služby a proto převzali i jeho velení – 19. listopadu 1942 byl velitelem sboru jmenován plukovník požární ochrany Bruno Petersen, před válkou požární ředitel v Düsseldorfu. Petersen začal v letech 1943 a 1944 zvyšovat početní stavy mužstva, dosáhl až 700 mužů. Současně se zaváděla nová technika a výcvik, výnosem ze 14. listopadu 1944 byl sbor začleněn do protektorátní policie s názvem Feuerschutzpolizei (Požární ochranná policie).

Za velitelství Petersena byly postaveny provizorní dřevěné stanice č. 2 Dejvice, č. 3 Holešovice, č. 4 Libeň, č. 5 Strašnice, č. 6 Krč, č. 7 Smíchov a č. 8 Žižkov, z nichž dodnes slouží hasičům v původním stavu stanice 3 Holešovice v Argentinské ulici.  Veškeré stanice plánoval Petersen kvůli hrozícím spojeneckým náletům na místech v blízkosti důležitých továren a vzhledem k těžké váze hasičské techniky i na vyvýšených místech pro rychlý rozjezd. Zajímavostí je, že i když šlo o stanice s provozní životností maximálně 10 let, u všech byl vybudován důmyslný betonový protiletecký kryt pro důstojníky i mužstvo.