Klaus při rozhodování, zda milost udělit či nikoliv, přihlížel zejména k zdravotnímu stavu odsouzeného a k tomu, jestli by jeho děti musely být umístěny do ústavní péče. Většinou také milost spojil s několikaletou podmínkou, že dotyčný nesmí páchat žádnou trestnou činnost.

Prezident mimo to také uděloval milosti cizincům vyhoštěným z České republiky, kteří však v zemi mají rodinné zázemí, manželku či manžela a vyhoštění jim tak neumožňuje žít rodinným životem. Vždy se ale jednalo o jednotlivce, kteří v Česku nepáchali žádnou závažnou trestnou činnost.