První pochybnost se týká ekonomických výnosů dostavby elektrárny. Výše cen elektřiny je do budoucna nejistá a vzhledem k nákladům, které do dostavby mají být investovány, je velmi pochybné, zda se tato akce vyplatí.

Další hrozbou je tlak Evropské unie, zejména v případě, že by se v ní významněji prosadili odpůrci jaderné energetiky. V tom případě by administrativní překážky i politický tlak z EU mohly přimět vládu ke změně energetické koncepce, a pak by se dostavba Temelína mohla stát bezpředmětnou.

Další alternativy vycházejí z toho, že by se začalo reálně rýsovat vítězství jednoho či druhého adepta. Pokud by začínalo být zřejmé, že vyhraje rusko- české konsorcium, mohlo by to vyvolat odpor na české politické scéně. To by za určitých okolností mohlo vést k tomu, že by vláda, respektive ČEZ pod jejím vlivem, celou dostavbu raději zrušila.