Rozchodník huňatý byl dříve hojným druhem ve středních a horských polohách Čech a západní a severní Moravy. Je doloženo téměř 400 historických lokalit. V současnosti přežívá na posledních 4 lokalitách na Šumavě, v Krušných horách a na pomezí jižních a středních Čech.

Velmi rychlý a masový ústup druhu způsobila především změna managementu podmáčených luk. Přestalo se kosit a pást, nejsou udržovány stružky, zanikly méně používané cesty. To vedlo k zarůstání vhodných stanovišť a rozchodník nedokáže v zarostlé krajině přežít. Řada míst byla zlikvidována melioracemi a intenzifikací hospodaření, třeba rozoráváním rašelinných luk. Na úbytku druhu se mohla podílet i celková acidifikace prostředí v důsledku kyselých dešťů v 2. polovině 20. století.