Kromě správy cel má celní správa řadu dalších kompetencí, jejichž výkon plní státní rozpočet. Jedná se především o výhradní správu spotřebních a ekologických daní, ze které plynou příjmy nejvyšší. Pohonné hmoty, ovocné destiláty a jiné lihoviny, pivo, šumivé víno, cigarety či tabák, to vše podléhá spotřební dani, kterou každý z nás platí v ceně zboží.

Druhou největší příjmovou položku tvoří tzv. „dělená správa". Dělená správa proto, že ukladatelem peněžního plnění je jiný orgán, než ten, který ho vybírá a vymáhá. V běžném životě se s ní lidé setkávají například při placení pokut uložených Policií ČR. Pokud není pokuta zaplacena na místě policii, platí ji přestupce většinou složenkou či bankovním převodem příslušnému celnímu úřadu. Jestliže ji však nezaplatí, začne ji celní úřad vymáhat, a to i formou exekuce.