„Když hrajete s dětmi, musíte počítat s tím, že všechno bude jinak. Svým nepřetržitým povídáním, pošťuchováním a smíchem, mnohdy těsně před klapkou, vás udržují v neustálé pozornosti a soustředění. Navíc text řeknou pokaždé trochu jinak. Je to daň, kterou za jejich autenticitu rád zaplatím. Všichni tři byli skvělí. Obdivoval jsem, jak byli připraveni a vydrželi často dlouhé a náročné směny,“ vzpomíná na natáčení představitel Mendela herec Pavel Kříž. Do konkurzu na tři dětské role se přihlásilo celkem přes sedm tisíc děvčat a chlapců. Divákům se po boku Pavla Kříže nakonec představí Theo Schaefer, známý ze seriálu Kukačky, a Kamila Vamberová spolu s Janem Šťávou, pro které Tajemství pana M. představuje první zkušenost před televizní kamerou.

Na samém počátku příběhu zavede tři školáky objev starobylé zahrady uprostřed moravské metropole na augustiniánské opatství na Starém Brně. Právě zde v devatenáctém století působil zakladatel genetiky Gregor Johann Mendel. Zvláštní příběhy a události, které trojice dětí prožívá, se až nápadně prolínají právě s jeho osobou.