Kontrola, která se zaměřila na období mezi lety 2007 a 2015, se týkala sedmi projektů v celkové hodnotě 2,6 miliardy korun. Celkem Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) rozdělilo v programovém období 2007 až 2013 v rámci kontrolované prioritní osy operačního programu „Věda a výzkum pro inovace“ 12,6 miliardy korun. Evropské dotace šly především na výstavbu nových budov, nákup zařízení a přístrojů a na modernizaci starších objektů.

Z kontrolované prioritní osy se MŠMT rozhodlo podpořit celkem 66 projektů. U sedmnácti z nich, které získaly dotaci v celkové výši 1,3 miliardy korun, univerzity dosud nezačaly s realizací. Podle NKÚ hrozí, že tyto projekty se nepodaří do konce roku 2015 dokončit, a tedy že se část dotací nepodaří dočerpat.