Česká plemenářská inspekce kontroluje u žadatelů o dotace označení zvířat a vedení evidence. Kontrola na místě probíhá formou inventury, při které se kontroluje správnost označení zvířat a porovnávají se fyzicky přítomná zvířata kontrolovaného hospodářství na aktuální stav v ústřední evidenci a stájovém registru a kontroluje se správnost jejich dokladů (průvodní list skotu). Prodeje, nákupy a vyřazení či přesun musí být doloženy dalšími doklady (účetní doklady, veterinární osvědčení, kafilerní lístek apod.).

V současné době se kontroly žadatelů týkají devíti dotačních titulů, opatřeních v rámci společné zemědělské politiky. Patří mezi ně poskytování zvláštní podpory podle Nařízení vlády č. 50/2015 Sb. pro zemědělce na tele masného typu, na krávy chované v systému s tržní produkce mléka, na bahnice a kozy a podporu vázanou na produkci bílkovinných plodin.

Dále pak tři opatření na poskytování plateb pro oblasti s přírodními nebo jinými zvláštními omezeními, na agroenvironmentální klimatické opatření, ekologické zemědělství (podle Nařízení vlády 72/2015 Sb., 75/2015 Sb., 76/2015 Sb., 79/2007 Sb.) a opatření na poskytování národních doplňkových plateb a přechodných vnitrostátních podpor k přímým podporám podle Nařízení vlády 112/2008 Sb.

Od letošního roku k nim přibyla i kontrola plnění podmínek pro poskytování dotací na opatření dobré životní podmínky zvířat podle Nařízení vlády č. 74/2015 Sb.

Toto opatření má tři podopatření a to na zvětšení lehacího prostoru v chovu dojnic, zlepšení stájového prostředí v chovu dojnic a zajištění přístupu do výběhu pro suchostojné krávy.