Více než polovinu částky citované NKÚ tvoří nevykázané podmíněné závazky na podrozvahových účtech. Ministerstvo spravedlnosti uvádí, že byť se jedná o hodnotově zdánlivě významné pochybení, je ve svém důsledku pouze objektivně formálním účetním pochybením způsobeným jinou metodikou účtování.

Dalším pochybením dle NKÚ je zvolený způsob odpisování dlouhodobého majetku, který byl použit v souvislosti se zavedením účetní reformy v roce 2010. Ministerstvo spravedlnosti v té době zvolilo pro tzv. dopočet oprávek zjednodušený způsob odpisování. Dle závěrů NKÚ byl tento postup v rozporu českými účetními standardy.