Činnost Auditního orgánu pro operační programy spolufinancované z fondů EU vychází přímo z nařízení Evropské komise. Auditní orgán pracuje naprosto nezávisle a objektivně podle požadavků a pokynů Evropské komise. Ke svým zjištěním dochází pouze a jen na základě posouzení faktů a své výsledky si musí pravidelně obhájit před Evropskou komisí a Evropským účetním dvorem.

Skutečnost, že je Auditní orgán na základě usnesení vlády ČR od 1. ledna 2013 zařazen do struktury Ministerstva financí, na této skutečnosti nic nemění. Řízení a vedení Auditního orgánu je vykonáváno osobou nezávislou na ministrovi financí – ředitelem Auditního orgánu, coby představeným ve smyslu zákona o státní službě. Ministr financí nemá vůči Auditnímu orgánu a jeho zaměstnancům, jejichž platy jsou mimo jiné hrazeny z prostředků EU, žádné personální ani jiné pravomoci. Ministr financí tedy nemá žádnou kompetenci zasahovat do nezávislé činnosti těchto orgánů. Auditní orgán své výsledky reportuje EK a jeho činnost je pod pravidelnou a intenzivní kontrolou ze strany EK, která se mimo jiné důsledně zaměřuje na jeho nezávislost.