Vzhledem k přetrvávajícím problémům požaduje česká justice opakovaně přijetí příslušných opatření, event. legislativní změny, aby k maření účelu tohoto ochranného opatření v praxi nedocházelo. Na odstranění problémů ministerstvo spolupracuje s Ministerstvem zdravotnictví.

Jedním z řešených problémů je to, že některé psychiatrické nemocnice opakovaně odmítají přijímat pacienty (pachatele trestných činů či činů jinak trestných), kterým soudy uložily a následně nařídily ochranné protialkoholní či protitoxikomanické léčení v ústavní formě. Dalším problémem je vytváření tzv. pořadníku, podle kterého může být taková osoba přijata do výkonu ochranného léčení i s odstupem několika let poté, co jí bylo ochranné léčení soudem pravomocně uloženo, nebo poté, co vykonala nepodmíněný trest odnětí svobody.