Navrhovatelé uvedli celou řadu důvodů, pro které považují napadená ustanovení jednacího řádu za protiústavní. Zejména namítali, že se jedná o nerespektování čl. 38 Listiny základních práv a svobod, dle kterého nikdo nesmí být odňat svému zákonnému soudci a příslušnost soudu i soudce stanoví zákon. V případě změny státního zastupitelství v přípravném trestním řízení se jim jeví jako ústavně pochybné, že se „automaticky“ mění i příslušnost soudu pro rozhodování v přípravném řízení např. o vazbě, domovních prohlídkách, odposlechu a záznamu telekomunikačního provozu atd.

Ústavní soud se zabýval všemi námitkami navrhovatelů a dospěl k závěru, že návrh není důvodný.

Pouhá skutečnost, kterou namítají navrhovatelé, že novelu, upravující poslední úpravu znění napadených ustanovení, schválila ministryně spravedlnosti v demisi, sama o sobě nemůže být důvodem k zrušení ustanovení, Ústavní soud v této souvislosti odkázal na závěry svého dřívějšího nálezu sp. zn. Pl. ÚS 6/07. K otázce, zda je vůbec obecně možné, aby příslušnost státního zastupitelství upravoval podzákonný právní předpis- vyhláška, Ústavní soud uzavřel, že a priori nelze takovýto způsob právní úpravy vyloučit. Ústavní soud se též nedomnívá, že by ústavnímu pořádku odporovala možnost rozhodnout o změně příslušnosti dozorového státního zastupitelství spolurozhodováním vrchního státního zastupitelství a nejvyššího státního zástupce a rovněž při srovnání se zahraničními právními úpravami se nejeví možnost určitých změn v příslušnosti státního zastupitelství dle rozhodnutí některého z vyšších stupňů jeho soustavy nijak neobvyklá. Státní zastupitelství není součástí soudní moci, a proto se pro jeho příslušnost nemusí uplatňovat tak přísná hlediska jako pro soudy.