Účelem podpory bylo mj. snížit rozdíly v odměňování a riziko obtěžování na pracovišti, omezit nerovný přístup k pracovním pozicím (tzv. skleněný strop, příp. skleněná zeď) nebo usnadnit slučitelnost pracovního a soukromého života. Z kontroly NKÚ však vyplynulo, že projekty směřovaly převážně pouze k informovanosti o problematice rovnosti žen a mužů a u některých zaměstnavatelů k vytvoření interních předpisů. Ve výsledku NKÚ shledal, že pouze 8 % z kontrolovaného objemu peněžních prostředků přispělo, nebo má alespoň potenciál přispět, k dosažení účelu podpory ve všech těchto klíčových otázkách.

Přestože v ČR dlouhodobě existuje významná nerovnost v odměňování mužů a žen za stejnou práci, u více než jedné čtvrtiny auditovaných organizací nebyla tato oblast vůbec prověřována. Docházelo totiž k paradoxním situacím, že tyto dobrovolně auditované organizace, jejichž cílem by mělo být v případě zjištěných nedostatků či slabých míst jejich následné odstranění, odmítly poskytnout informace o výši odměn na jednotlivých pozicích.

Jak NKÚ dále zjistil, MPSV schvalovalo žádosti o podporu, přestože neznalo totožnost auditované organizace. Týkalo se to 54 % organizací z vybraného vzorku projektů. Mezi auditovanými organizacemi se tak objevily i takové, které veřejně deklarovaly, že se hlásí k politice rovnosti a zákazu diskriminace, nebo dokonce ty, které obdržely ocenění v oblasti rovných příležitostí. Auditován byl např. vítěz desátého ročníku soutěže „Úřad roku Půl na půl – respekt k rovným příležitostem“. Navíc v 11 % případů byla auditována zcela jiná organizace, než byla uvedena v žádosti o podporu.