Z kontroly vyplynulo, že MZd nepodniklo kroky, které by předcházely finančním ztrátám zdravotních ústavů. Jejich hospodaření bylo v kontrolovaných letech ztrátové i kvůli nárůstu platových tarifů nebo systému úhrad zdravotních služeb za laboratorní vyšetření a diagnostiku. MZd také dostatečně nekontrolovalo výdaje zdravotních ústavů. Nákupy ústavů přitom v kontrolovaných letech přesáhly 1,3 miliardy korun. NKÚ zjistil v nákupech řadu vážných nedostatků včetně porušení předpisů. Správně nefungoval ani vnitřní kontrolní systém zdravotních ústavů.

Zdravotní ústavy jsou příspěvkovými organizacemi MZd a poskytují například laboratorní služby v oblasti zdravotní péče i ochrany životního prostředí nebo očkování. Roku 2012 došlo k reorganizaci zdravotních ústavů. Existují tak dva zdravotní ústavy – se sídlem v Ústí nad Labem a v Ostravě, které poskytují své služby na pracovištích i v dalších krajích. V letech 2017 až 2019 hospodařily zdravotní ústavy se ztrátou. Jednou z příčin byl systém úhrad za laboratorní služby, které jsou hrazeny z veřejného zdravotního pojištění. Tento systém je nastaven tak, že nepočítá platbu za jednotlivé výkony, ale za jednotlivé unikátní pojištěnce1. Úhrady proto neodpovídaly skutečnému objemu uznaných výkonů, které ústavy prováděly.

V letech 2016 až 2018 se kvůli tomu propadly roční výnosy ústavů v průměru o více než 20 milionů korun. Úhrady od pojišťoven přitom tvoří nejvýznamnější část výnosů. MZd však nenavrhlo žádné změny v systému úhrad, které by alespoň snížily tyto každoroční rozdíly v úhradách.

Na hospodářský výsledek zdravotních ústavů mělo vliv i to, že se zvyšovaly platové tarify státních zaměstnanců a rostly tak mzdové náklady. Ty tvořily více než 50 % celkových nákladů zdravotních ústavů. Navyšování platových tarifů se nepromítlo ani v příspěvku na provoz, jehož výši určovalo