Tento systém je nástrojem pro řízení veřejných financí, obsahuje účetní informace státu a slouží také pro přípravu státního rozpočtu. Kontroloři zjistili, že při využívání softwarových licencí spojených s provozem IISSP nepostupuje MF vždy efektivně, resortu se také nepodařilo zavést jednotnou elektronickou identifikaci pro úředníky v původním termínu v roce 2019. Rizikem je také odkládání rozhodnutí o přechodu na novou platformu pro IISSP.

Základ IISSP tvoří architektura společnosti SAP. K zajištění provozu IISSP pořídilo MF od roku 2008 softwarové produkty, za které do ukončení kontroly zaplatilo celkem 933 milionů korun. NKÚ zjistil, že v kontrolovaných letech 2015 až 2020 MF nevyužívalo v průměru 28 % z cca 5 900 zakoupených softwarových licencí, tedy zhruba 1 600 licencí. Kontroloři vyčíslili, že za údržbu nevyužitých licencí zaplatilo MF v kontrolovaném období minimálně deset a půl milionu korun.

V roce 2019 se MF podařilo dojednat snížení počtu licencí o 400 kusů, ale bylo to podmíněno pořízením softwaru k zajištění souladu IISSP s požadavky kybernetické bezpečnosti za více než 94 milionů korun.